​​Üsküdar Salacak tarafı ve  sahilde olan Cami İstanbul Boğazı'nın Marmara'ya açıldığı bir noktadadır. Karşısında da Galata Köprüsü ve Haliç uzanır.

 Şemsi Paşa'nın  Üsküdar'a bakan tarafında yani eski tütün fabrikasının yerinde bir de Sarayı vardı. Yaptıranı Vezir Şemsi Ahmed paşa. İnşa tarihi 988 yani 1580. Mimarı Mimar Sinan'dır.Şemsi Paşa'nın Türbesi Cami'nin sol yanında bitişiktir ve denize bakar. Cami ile Medrese arasındaki avlu bölümünde bir su deşarj rögarı vardır. Bu Mimar Sinan'ın yaptığı eserlerin tümünde tek örnektir.

Cami denize yakın olduğu için lodoslu havalarda, avlu duvarını aşıp pencerelerden Cami'ye giren deniz suyu bu rögar vasıtasıyla denize tahliye edilir. Cami avlusu L planında olup avlu kapısından girişte solda görülmeye değer bir tarihi çeşme su haznesi vardır. L şeklindeki hazirenin Cami kıble duvarı ile avlu duvarı arasında 15 kadar tarihi kabir ve taşları vardır. Bu kabirler son restorasyonda meydana çıkarıldı. Ayrıca çıkarılan bazı tarihi mermer taş eşyalar duvarlara monte edilerek güzel bir görünüme kavuşturulmuştur. Cami'nin minaresi kesme taştan, tek şerefeli ve şerefe korkulukları mermer şebekelidir. Bu Cami'ye ve minareye Kuşkonmaz denir. Cami İstanbul Boğazının Marmara'ya açıldığı bir noktadadır. Karşısında da Galata Köprüsü ve Haliç uzanır. Yani bu nokta, üç denize bakan ve bunların rüzgârlarını alan yerdedir. Hiçbir canlı insan dâhil, rüzgâra karşı kendi isteğiyle uzun zaman durmaz. Hele kuşlar ve diğer hayvanlar rüzgârı sevmezler. Hatta çok kalırsa ölürler. Böyle çok rüzgârlı bir yerdeki camiye de, elbette hiçbir kuş konmaz.

Cami tek kubbeli küçük bir mekândır. Hela girişinde tarihi ve güzel su haznesi vardır. Harim girişi yanları açık antre şeklindedir. Harim kapısı üstünde mahfil vardır. Pencere üstü, kubbe ve duvar yazı Kabartmalı tek örnektir.