Üsküdar'ın simgesi durumunda olan bu zarif yapı, İstanbul Boğazı'nın ağzında ve sahilden 200 metre uzaklıktadır. Eski rivayete göre; mitoloji kahramanlarından Leandros'un, Hero isimli bir sevgilisi vardı. Hero, Yunanlılar'ın Afrodit, Batılılar'ın Venüs adını verdikleri güzellik ilahesinin rahibesi olup bugün Çanakkale Boğazı dediğimiz Helpontos'un Avrupa kıyısında Sestos adını taşıyan bir şehirde yaşıyordu. Leandros ise; boğazın öbür kıyısında, bugünkü Kösekale civarında harabeleri görülen, Abydos'da oturuyordu. Bu şehrin kralının oğlu olan Leandros, her gece Abydos'tan denize giriyor ve yüzerek Sestoa'ya geçerek sevgilisi ile buluşuyordu. Yine bir gece, aralarındaki anlaşma gereğince, Hero bir meşale yakmış ve Leandros'u yanına çağırmıştı. Bu sırada patlayan fırtına yüzünden Leandros boğulmuş ve ertesi gün sahile vuran cesedi gören Hero'da kendisini denize atmak suretiyle intihar etmişti. Leandros'la Hero Efsanesi, antik çağ ozanı Horos'tan (M. Ö. 280 yıllarında yaşadı) çok önce yaşamış olan Musairos adlı bir şair tarafından yazılmıştır. Ünlü İngiliz ozanı Lord Byron 3 Mayıs 1810'da The Salsete isimli gemisiyle Çanakkale Boğazı'na gelmiş ve bu öykünün doğruluğunu kanıtlamak için Boğazı yüzerek geçmiştir. Çünkü, akıntılar yüzünden boğazın yüzülerek geçilemeyeceği, bundan ötürü de hikâyenin uydurma olduğu ileri sürülmüştü.

Aradan yüzyıllar geçmiş ve 1845'te 'B ve B' rumuzu ile 'Constantinople et le Bosphore' adında bir eser yayınlamış olan bir Fransız yazarı, bu efsaneyi Kız Kulesi'ne yakıştırmıştı. Yazara göre; güzel Hero, her akşam gizlice buluşmak için Üsküdar sahilinden Kız Kulesi'nin üzerinde bulunduğu küçük adaya geçer, ateşi yakarak Sarayburnu'nda bulunan sevgilisine işaret vererek onu çağırırmış. Fakat günün birinde aşk rahibesi ateşi yaktığı sırada bir fırtına çıkar, güzel rahibe sabaha kadar beklediği halde sevgilisi görünmez. Sabahleyin Leandros'un sahile vuran cesedini gören Hero kendisini denize atarak intihar eder. Bu acıklı sona çok üzülen, Üsküdar Tekfuru (Hero'nun babası) onların hatıralarına bu ada üzerine bir anıt yaptırmıştır.

Bir başka söylentiye göre de; M. Ö. 411'de Üsküdar ve sahilleri Pers hakimiyetinde idi. Buna karşılık Atinalı Alkibiades bu kaya parçası üzerinde bir gümrük istasyonu kurarak Boğaza giriş ve çıkışı kendi kontrolü altına almıştı. Atina'nın 30 gemilik bir filosu da bu istasyonun emniyetini sağlıyordu. Atinalı General Haris (Khares) Üsküdar'ı zapt ederek yerleştikten sonra karısı Damalis burada öldü. Haris karısı için bir türbe hazırladı. Bu türbe, Ayazma Camii'nin üzerinde bulunduğu tepede veya Kız Kulesi'nin yerinde idi. Tepenin önündeki burun, M.Ö 340'da üzerine konulan bir inek heykelinden dolayı, Damalis Burnu olarak adlandırılmıştı. Bu inek bir sütun üzerine yerleştirilmişti. Bunun, Damalis'in mezarını göstermesi için dikildiği söylenir.

Başka bir rivayete göre de; Bizans İmparatoru Konstantinus'un (578-582) çok güzel bir kızı vardı. Bir kâhinin ifadesine göre, yılan sokmasından ölecekti. Hükümdar, deniz ortasında yaptırdığı bir kuleye kızını saklar. Fakat kızının kaderinin önüne geçemez. Kuleye gönderilen bir üzüm sepetine saklanan yılan kızı sokarak öldürür.

Evliya Çelebi'ye göre ise; halk kahramanı Battal Gazi, İstanbul'u almak için Tekfur Sarayı'nın karşısında yedi yıl bekler. Fakat asıl sebep, Üsküdar Tekfuru'nun kızına aşık olmasıdır. Battal, Şam'ın fethi için Üsküdar'dan ayrılınca, imparator, tekfurun kızını saklamak amacı ile Kız Kulesi'ni yaptırır. Seyyid Battal Gazi, Şam'dan dönünce kuleyi basar, kızı ve hazineyi alır, kaçırır. Çelebi'ye göre bu olaylar Abbasi Halifesi Harun Reşit (786-809) zamanında meydana gelmiştir. Oysa, Battal Gazi'nin 122 (740) tarihinde vefat ettiği kesinleşmiş gibidir.

Harun Reşit'in veliahtlığı zamanında, 164 (781) tarihinde yapılan bu seferde Abbasî orduları Üsküdar sahillerine kadar gelmişlerdi. Bu sırada İstanbul'da Dördüncü Leo'dan (775-780) dul kalan ve Taberî tarafından unvanı isim olarak kullanılarak 'Auğusta' denilen İrene, oğlu VI. Constantin (780-797) namına saltanat naipliğinde bulunuyordu. Battal Gazi'nin bu bekleyiş sırasında Küçük Çamlıca Tepesi'nin (eski adı Bulgurlu Dağı) eteklerinde konakladığı bilinmektedir. Bugün Acıbadem ismiyle yad edilen semt, Evliya Çelebi zamanında Battal Gazi Bağları, Âl-i Bahadır Bağları adıyla anılıyordu. Çelebi, Seyahatname adlı eserinde "Battal Gazi Şam gazasına memur olunca Kanator denilen Kral, Kadıköyü'ne sağlam bir kale bina ettirmiştir ki, hâlâ bu hakirin bağı içinde burçlarının temelleri görülür. Sonra Üsküdar'ın kara tarafına, tâ Çamlıca dağlarına kadar bir hendek açtırır. Toprağını içyüzüne kapatıp kapı yerleri falan bırakır. Battal Gazi'nin korkusundan deniz yüzünde büyük bir kale yaptırıp Üsküdar Tekfuru'nun kızını ve diğer kıymetli ve lüzumlu insanı içine koydurur. O kuleye de 'Pirgos Tiskuris' dediler ki, 'Kız Kulesi' demektir. Bu sırada Battal Gazi de Şam fethini bitirerek Üsküdar'ın böyle tahkim edildiğini işitince yanına, 700 serden geçti gazi alıp gelir ve birdenbire Üsküdar'ı basar. Oradan kayıkla Kız Kulesi'ne geçip kralın kızını, hazinesini ve diğer lüzumlu şeylerini alıp Üsküdar'a gelir. Orada, Üsküdar Bahçesi  denilen yerde iki rekat namaz kılıp;  " İlâhî, burayı Muhammet ümmetine nasip et ki, mamur olsun" diye dua edip yalvarır. Sonra Üsküdar'a dokunmadan ganimetlerini alıp Medayin şehrine (İran'da) yönelir" demektedir. Bizans İmparatoru'nun "tâ Çamlıca Dağı'na kadar" açtırdığı bu derin hendek, Kadıköy-Acıbadem Caddesi'nin doğu yönünde açılmıştır. Burada arazinin durumundan da istifade edildiği açıktır. Bu caddeye bağlantısı olan doğu cihetindeki sokakların hemen hepsi dik yokuşlar halinde olup cadde, hatt-ı bâlâ üzerinde teşekkül etmiştir. Son zamanlarda yapılan bir hafriyat sırasında büyük bir Bizans kapısı veya mabedinin sütunları ve sütun başlıkları ortaya çıkmıştır. Bu kalıntılar halen, Ankara asfaltı civarında, Acıbadem Caddesi ile Tekin Sokağı'nın birleştiği yerdedir. Bu kapı kalıntısının az aşağısında ve Kadıköy cihetinde, Hünkâr İmamı Mahallesi'nde, Acıbadem Caddesi üzerinde ve bu caddenin Şam Fıstığı Sokağı ile birleştiği yerde kesme taş ve tuğla hatıllı bir kule bulunmaktadır. Bu kule ile kapı arasındaki sahanın bir duvar ile kapatıldığı sanılmaktadır. Bu kalıntılardan, Evliya Çelebi'nin ifadesinin doğruluğu ortaya çıkmaktadır.

Bizans devrinde Kız Kulesi'nin üzerinde bulunduğu ufak kara parçası üzerinde nasıl bir tesisin bulunduğu malum değildir. Tarihçi Niketas Khoniates'in yazdığına göre, imparator Manu-el Komnenos (1143-1180) burada arkla 'Hisarcık' denilen küçük bir kale yaptırmıştır. Karşıda Sarayburnu'nda Mangana'da bir kule yaptıran Manuel, bunların arasına bir zincir çekerek boğaza giriş ve çıkışı kontrolüne almıştı. Rivayete göre, Kız Kulesi'nin içme suyu kıyıdan denizin dibinden gelen bir kanal ile sağlanmıştı. Ayrıca kara ile Kız Kulesi arasına da bir duvar yapılmıştı. Ermeni müellifi Incici-yan bu duvarın Kanunî devrinde (1520-1540) yıktırıldığını, sadece temel kalıntılarının durgun havalarda görüldüğünü yazar. Bu duvar izini bugünde görmek, yüzerek tespit etmek mümkündür. Tursun Bey, tarihinde; "İstanbul limanı ağzına mukabil, Anadolu Yakası'nda, deniz içinde döküntü taş arasında bir muhkem kal'a yaptırdı ve toplar vaz eyledi ki, atıldıkça liman içinde gemi durdurmaz" dediğine göre, Kız Kulesi muhasara esnasında ya Osmanlı Donanması tarafından top ateşi ile yıkılmış veya fetih sırasında burası döküntü taşlık bir halde idi. Fetihten sonra Kız Kulesi'nin yeniden yapıldığı ve İstanbul müdafaasının bir unsuru haline getirildiği, toplar yerleştirildiği bilinmektedir.

1420 senesinde Buondelmonte tarafından yapılan Canstantinople plânında, Kız Kulesi bir kale burcu şeklinde gösterilmiştir. Fatih'in emriyle, 1453'ten sonra Amyrutzen tarafından yapılan İstanbul plânında Kız Kulesi, 1420 tarihindekinden ayrıcalık göstermektedir ki, bu da Fatih tarafından yeniden yaptırıldığının delilidir. 1520 tarihlerinde Vavessore eliyle basılan İstanbul manzarasında burası bir kale biçiminde gösterilmiştir. Hünername ve Piri Reis (öl.1554) in çeşitli İstanbul haritalarında da bu kale belirtilmiştir.

Evliya Çelebi, Kız Kulesi'nin dört köşe 80 arşın (takriben 5.5 m.) yüksekliğinde bir kale ve çevresinin ise 200 adım olduğunu, içinde dizdarı, 100 muhafızı, cephaneliği ve topları ve kulenin iki tarafa nazır bir demir kapısının bulunduğunu yazmaktadır. Yazara göre kule, sahilden bir ok menzili kadar uzaklıktadır. Evliya Çelebi'nin bu açıklamasına rağmen kule, XVII. yüzyıl ortalarında artık ehemmiyetini kaybetmiş ve bir müdafaa unsuru olmaktan çıkmış bulunduğunu, aynı yüzyıl içinde İstanbul'a gelen batılı seyyahlardan öğreniyoruz. Bu yazarlardan Du Loir, Kız Kulesi'nde karısıyla beraber bir adamdan başka kimsenin oturmadığını ve yerde 4-5 adet top bulunduğunu söyler. Fr. Gemelli, kulenin içinde "dikkate şayan bir şey görmediğini" orada sekiz tane topun bulunduğunu yazar. Tavernier ise; "kulenin sahiline bazı toplar konulmuştur ki, bunlarla Boğaz, Sarayburnu'ndakilerden daha iyi muhafaza edilebilir. Fakat bu topların çoğu bakımsız ve işe yaramaz bir haldedir" der.

Fındıklık Mehmet Ağa; "gelen gemiler karanlık gecelerde Kız Kulesi'nin önünden geçerken büyük zorluklar çektiğinden, Kız Kulesi'nin bir köşesinde geceleri devamlı olarak bir fener yakılması, padişah III. Ahmet tarafından, 1131 senesi Şaban ayında (Haziran-Temmuz-1719) emredilmiş ve bunun için günde dört okka zeytinyağının Tersane-i Âmire'den ödenmesini buyurmuştur" demektedir. Kısa zamanda fenerin ahşap kısmı yandığından 1138 (1725-26) tarihinde Sadrazam Damat İbrahim Paşa tarafından, kârgir olarak yeni baştan yaptırılmıştır. Bu onarım sırasında kulesinin üstüne de çatısı sütunlara oturtulan camlı bir köşk yapılmıştır. 18 Muharrem 1147 (20 Haziran 1734)'te Kız Kulesi'nin bazı mevzileri Lâle Devri baş mimarı Kayserili Mehmet Ağa tarafından tamir edilmiştir. XVIII. yüzyıl ikinci yarısında kulenin zaman zaman gözden düşen devlet ricali için bir hapishane olarak kullanıldığı görülmektedir. Kızlarağası Beşir Ağa, 28 Şaban 1165 (11 Temmuz 1752)'de hanesinden alınmış ve Bostancıbaşı sandalı ile Kız Kulesi'ne getirilerek evvela hapis ve sonra da Süleyman Ağa ile beraber idam edilmişti. Süleyman Ağa Karacaahmet Mezarlığı'na 8. Ada'ya, Beşir Ağa ise Nasuhî Tekkesi'ne gömülmüştür. Süleyman Ağa'nın taşı halen mevcuttur.

7 Şaban 1168 (19 Mayıs 1755) günü Sadrazam Hekimoğlu Ali Paşa, Kız Kulesi'ne getirilerek hapsedilmiş ve ertesi gün de bir çektiriye bindirilerek Kıbrıs'a sürülmüştür. Boğaz istihkâmlarının ıslahı sırasında Kız Kulesi'ndeki toplar da mükemmel hale getirilmiştir. 1755'te Baron De Tott, bu topların çok iyi bir şekilde ateş ettiğini görmüştür.

Kule şimdiki şeklini Sultan II. Mahmut devrinde ve 1248 (1832-33) tarihinde almıştır. Burası, bu hükümdarın son yıllarında kurulan karantina teşkilatı tarafından bir süre kontrol istasyonu olarak kullanılmıştır. Deniz yüzünden pek az yüksekliği olan, 35-36 m. kenarlı bir düzlük üzerine oturtulan Kız Kulesi, her bir kenarı 18-21 m. arasında değişen ölçüleri bulunan küçük bir kaledir. Mazgallı kalenin kare plânlı burcunun tepesinde, pencereli ve etrafı balkonlu bir köşk bulunmaktadır. Poligon biçimindeki bu köşkün üstü dalgalı saçak çıkmasına uygun olarak dilimli bir kubbe ile örtülüdür ve ortasında bir bayrak direği yükselir. Kara tarafına bakan cümle kapısının önünde iki sütunun taşıdığı bir revak vardır. Kapının üzerinde ve üçgen bir çerçeve içinde, Hattat Mustafa Rakım Efendi'nin, imzasını taşıyan Sultan II. Mahmut'un bir tuğrasını havi bir madalyon bulunmaktadır. Tuğranın altına 1248 tarihi yazılmıştır. Allom, Bartlett ve Miss Pardoe Kız Kulesi'nin şimdiki şekliyle çok güzel gravürlerini yapmışlardır.

Padişahların tahta çıkışlarında, Topkapı Sarayı'nda yapılan doğum ve sünnet merasimlerinde, donanmanın ilkbaharda törenle sefere çıkmasında ve padişahların saltanat kayığı ile boğaz gezintisine gittiği esnada ve bir de bayram günlerinde Kız Kulesi'ndeki toplar muayyen fasılalarla ateş ederdi. Bundan ayrı olarak her akşam ve sabaha doğru mehter musikisi çalınması ve bu suretle subaşıları ve kadıların uyanık bulundurulması Fatih Yasa sı idi. Zeynep-Kâmil Hastanesi'nin kurucusu Yusuf Kâmil Paşa, gördüğü bir rüyanın etkisiyle Mısır'a gitmek istemişti. Fakat o sırada Osmanlı Devleti ile Mısır arasında siyasî bir gerginliğin bulunması bu seyahatin gizli yapılmasını gerektiriyordu. Bunun için Paşa, o sırada oturmakta olduğu Üsküdar'da Ayazma sahilindeki yalısından Kız Kulesi'ne geçmiş ve evvelce kararlaştırdığı veçhile bir yelkenliye binerek Mısır'a hareket etmişti.

Kız Kulesi son defa 1943'te onarılmış ve etrafına büyük kayalar yerleştirilmişti. Yakın tarihlerde işletilmek üzere bir holdinge kiralanmış ve 2000 yılında aslına sadık kalınarak mükemmel bir şekilde restore edilmiştir. Bu onarım sırasında zemin katta evvelce bilinmeyen mazgal delikleri ortaya çıkmıştır. Bu mazgalların Boğaziçi'ne bakanları dik, Sarayburnu'na bakanları ise cepheye göre 45 derecelik bir açı ile Marmara'ya baktığı görülmüştür. Bu durum hem top atışlarını kolaylaştırmakta ve hem de daha fazla güneş ışığının girmesini temin etmektedir.

Bu restorasyon sırasında sonradan yapılan bazı bölümler ortadan kaldırılmış ve dört köşe kule de demir kasnaklarla takviye edilmiştir. Bugün zemin kat restorandır. Buradan ahşap merdivenlerle üst katlara çıkılmaktadır. Ara katlara satış bölümleri yapılmıştır. Etrafı boyunca balkonlu yer ise çay mahallidir. Buradan isteyen sabit dürbünlerle Üsküdar, Boğaziçi ve İstanbul'un nefis panoramasını seyredebilir.