Balaban Tekkesi tam bilinmemekle birlikte, yazılı kaynaklardan çıkarılan bilgilerle kendi müphem tarihine ışık oluyor. İlk bilinen formu itibariyle tekke, İstanbul eşrafınca İsfendiyar Tekkesi Mescidi veya Yağcızâde Tekkesi Mescidi isimleriyle bilinmektedir. On sekizinci asrın en önemli biyografi ve Osmanlı Tarihi alimlerinden biri olan Ayvansarayî Hafız Hüseyin Efendi, bir eserinde tekke ile alakalı şu ifadeleri kullanmıştır:

"Banisi İsfendiyar ismiyle müsemma bir kimsedir."

​
Mescidin banisi Balaban Ahmed Baba'dır. Meftunun haziresinde yer alan şahidesinde şu ifadeler yer almaktadır:
 
"Hüvelbaki İsfendiyarzadeler'den Eş-Şeyh Balaban Ahmed Baba Hazretleri'nin ruhuna El-Fatiha, sene 1047 (Miladi 1637)"

Sultan III. Mustafa devrinde caminin imam ve müezzinliğini, Sa'diyye Tarikati'ne bağlı olan Yağcızâde Eş-Şeyh Es-Seyyid Ahmed Efendi üstlenmiştir. Bu etkileşim sayesinde Sa'diyye Tarikati'nin ayine-i şerifleri icra edilmiş, O tarihten itibaren ise Sa'dîler Tekkesi olarak anılmaya başlanmıştır. Yaklaşık ondokuzuncu asrın başlangıcına kadar tekke, İsfendiyarzâdeler'den 6 şeyh ile faaliyetlerine devam etmiş ve ettirmişlerdir. Bu devirde Üsküdar'da çıkan yangın, tekke'nin ağır hasar almasına sebep olmuştur. Üsküdar yangınında yanan tekkeyi, Sultan V. Mehmed devrinde yaşamış olan şeyh Âşir Efendi ve hanımı tamir ettirmiş, bugünkü tekke mimarisinin ortaya çıkmasına vesile olmuşlardır.
 
Üsküdar Belediyesi öncülüğünde ve Vakıflar Müdürlüğü yetkililerinin yardımıyla, Balaban'ın ismine babalık etmiş olan bu tekke günümüz mimarisine kazandırılmıştır.

Balaban Tekkesi'nin Şeyh Âşir Efendi ve Zevcesi Ayşe Sıdıka Hanım'dan günümüze ulaşmış olan kitabesinde ise şu ifadeler yer almaktadır :
 
"Şehinşâh Sultan Mehmed Han-ı lutf-mutâd Serîr-i saltanatda dâim olsun hürrem ü dilşâd bu dergâh asr-ı evvelede yanıp bir arsa kalmışken zaman-ı şevketinde oldu inşâ ile feyz-âbâd Ona bani-i sânî oldu elân postnişîn kim Zehi himmetle Şeyh Âşir Efendi eyledi bünyad Münirâ hatm-ı hâce eyleyüb cevher dedim tarih bu Sâdî hankahıdır oku gel her seher evrâd, 1327" (m. 1909)​