Evliya Çelebi'nin ifadesine göre saray, "Karacaahmet Sultan Tekkesi yakınında" idi. "Civan Kapıcıbaşı yani Rüstem Paşa Sarayı" demesinden de sarayın sonradan Mehmet Paşa'ya intikal ettiği anlaşılmaktadır. Civan Kapıcıbaşı Mehmet Paşa, Kanunî Sultan Süleyman'ın kızı Mihrimah Sultan ile Sadrazam Rüstem Paşa'nın kızları Hâce Aişe Hanım Sultan'ın oğlu Abdurrahman Bey'in oğludur. Abdurrahman Bey'in babası ise Vezir-i azam Semiz Ahmet Paşa'dır. Mehmet Paşa, Girit'te 12 Ağustos 1646'da vefat etmiş ve cenazesi Üsküdar'a getirilerek Hüdâyî Aziz Mahmud Efendi Türbesi yanındaki babaannesi Ayşe Hanım Sultan Türbesi'ne gömülmüştür. Bu türbe bahsine bakınız. Sarayın ilk bânisi Rüstem Paşa, 1561 tarihinde vefat ettiğine göre sarayı bu tarihten evvel, Mimar Sinan'a yaptırdığı sanılmaktadır. Sarayın, eski adı Kuyubaşı olan bugünkü Kapı- ağası Mevkiinde veya Nuhkuyusu Askerlik Şubesi'nin bulunduğu yerde veya civarında oldu- ğu sanılmaktadır. Rüstem Paşa, bu sarayın yakınına ve Taşçılar Camii'nin yanına 952 (1545)'te bir çeşme inşa ettirdiğine göre sarayını da bu sıralarda yaptırdığı söylenebilir. Paşa'nın Üsküdar'da bir sarayı daha vardır. Civan Kapıcıbaşı Mehmet Paşa'nın İstanbul'da, Cinci Hüseyin Efendi Sarayı'nın karşı- sında da bir sarayı vardı. Evliya Çelebi'nin bildirdiğine göre Bulgaristan'da Rusçuk Şehri'nin 60 km. güneydoğusundaki Hazergrad kasabasına bağlı Kadıköyü, Civan Kapıcıbaşı'nın vakfıdır.