Medrese, Toptaşı Camii'nin kuzey yönünde ve şadırvan avlusunun önündedir. Arazinin meylinden dolayı cami avlusu, medrese avlusuna göre yüksekte bulunduğundan medreseye 19 basamaklı taş merdivenle inilir. Merdivenin üzerinde, iki pencereli olup vaktiyle Şeyh Abdülkadir Efendi'nin (öl. 1738) oturduğu kubbeli küçük bir oda vardır. Medresenin bu kapıdan başka, Tekkeönü Sokağı'na, Kartalbaba Caddesi'ne ve Valide Kethüdası Sokağı'na açılan birer kapısı daha vardır. Hiç birinin üzerinde kitâbe yoktur. Üçüncü kapıdan beşik kubbeli bir dehlizden geçerek avluya girilir. Avlunun ortasında ufak, harap, saçağı yok olmuş sekiz yüzlü, mermer bir şadırvan ve cami avlu duvarına yakın bir yerde de bir kuyu mevcuttur. Sağ tarafında üç gözlü helâ vardır. Medrese, üç yolun birleştiği yerde ve sokakların uzanış biçimine göre yapıldığından sağ tarafı sol tarafına nazaran daha geniştir. Avlunun üç tarafına sıralanmış 19 oda ve bu odaların önünde başlıkları baklavalı, 17 mermer sütunun taşıdığı, kubbeli bir revak bulunmaktadır. Orta yerde dershane yer almıştır. Odalar, ikisi sokağa, biri avluya bakan üç pencere ile aydınlatılmış olup içinde birer ocak ve dolap yerleri vardır. Medrese odaları gibi tamamen kesme taştan yapılan kare plânlı dershanenin altından Valide Kethüdası Sokağı geçmektedir. Bu yola alçak düşmemesi ve arabaların altından rahatlıkla geçebilmesi için dershaneye iki taraşı, bir merdivenle çıkılır. Pembe-beyaz mermer alternatişi kapı kemeri üzerine sonradan medresenin yurt olarak kullanıldığını belirten 1397 (1977) tarihli bir kitâbe konulmuştur. Kapının önünde, çapraz tonozlu ve iki sütunun taşıdığı küçük bir revak vardır. Dershanenin ikisi yola, ikisi de avluya bakan dört penceresi ve bir ocak yeri vardır. Altından yol geçtiğinden iki yandan geniş kemerler üzerine bindirilmiştir. Bu kemerler arasında ve sokak seviyesinde kitâbesiz bir çeşme bulunmaktadır. Medrese odaları Valide Kethüdası Sokağı'na göre 4-5 m. kadar yüksekte bulunduğundan bu sokak tarafındaki kesme taş duvarı, yine kesme taş payandalarla takviye edilmiştir. Toptaşı Camii 991 (1583) tarihinde Nurbânu Sultan tarafından Mimar Sinan'a yaptırılmıştır. Fakat medresenin daha önce 987 (1279-80)'de tamamlandığı Ataî'de görülmektedir. Paye bakımından altmışlı olan bu medresenin ilk müderrisi Dökmecizâde Mehmet Efendi olup bu göreve 9 Muharrem 987 (7 Mart 1579)'da atanmıştır. Bunu, Şemseddin Ahmet Efendi, Şeyhülislâm Çivizâde Mehmet Efendi'nin kardeşi Defterzâde Ali Efendi, Abdülkerimzâde Abdullah Efendi, Şeyhülislâm Sun'ullah Efendi ve diğerleri takip etmiştir.