Medrese, Ahmet Çelebi Mahallesi'nde ve bu isimle bilinen camiin karşısında, Sümbülzâde Sokağı ile Açık Türbe Sokağı'nın birleştiği yerde ve ikinci sokağın sağ köşesindedir. Medresenin hangi tarihte yapıldığı belli değildir. Yahya Efendi 1073 Rebiyülâhir (Kasım 1662)'de şeyhülislâm olmuş ve 1088 zilkadesinde (Ocak 1678)'de vefat etmiştir. Medresesini 1665 tarihlerinde yaptığı sanılmaktadır. Türbesi bahsine bakınız. Sümbülzâde Sokağı'na açılan kapıdan zemini toprak bir avluya girilir. Oldukça büyük, kare plânlı avlunun ortasında kitâbesiz bir kuyu bileziği vardır. Sağ ve sol tarafında medrese odaları, tam karşıda ise dershane yer almıştır. Dershanenin sağ tarafında ise helâ vardır. Sol taraftaki odalar Açık Türbe Yokuşu üzerinde bulunduğundan fevkânîdir. Medresenin dış cephesi muntazam kesme taştan, ara bölmeler ile iç cephesi yığma taştandır. Pencere ve kapı söveleri kesme taştır. Dershanenin ve odaların önünde, baklavalı mermer başlıklı sütunların taşıdığı bir revak vardı. Odaların yola ve avluya bakan pencereleri bugün de mevcuttur. Dershanenin, medrese odalarının ve revakın kubbeleri tamamen yıkılmıştır. Mermer sütunların ve başlıkların pek azı kalmıştır. 1855 tarihindeki büyük zelzelede yıkıldığı sanılmaktadır. 1955 tarihlerinde Üsküdar İtfaiyesi medresenin avlusuna büyük bir su deposu yapmış ve bu sırada çıkan toprağı da medrese odalarına yığmıştır. Bu moloz bakiyeleri 1974 senesinde kaldırılmış ve medrese bütün detaylarıyla ortaya çıkmıştır.