Medrese, Çinili Cami'nin sol tarafında ve gerisindedir. 'V' harŞ şeklindeki medrese, set üzerine yapıldığından 9-10 basamak taş merdivenle çıkılır. Merdivenin karşısında dershane yer almıştır. Sağ ve solunda üçer hücre bulunmaktadır. Her bir hücrede, ocak yeri ve dolaplar vardır. Kubbelerin üzeri son tamirde çimento ile sıvanmıştır. Dershane ve hücrelerin önünde mermer poligonal sütunların taşıdığı ahşap bir saçak vardı. Bugün yıkılmış bulunan bu revakın sütun başlıkları baklavalıdır. Yığma moloz taşından yapılmış olan medresenin klâsik bacaları kesme taştandır. Odaların Çinili Mescit Sokağı'na açılan pencereleri sonradan örülmüştür. Hiç bir yerinde kitâbesi olmayan bu yapı, 1050 (1640) tarihinde Kösem Valide Sultan tarafından cami ile beraber yaptırılmıştır. Mimarı Kasım Ağa'dır. 1925 tarihine kadar faaliyet gösteren bu eser, tekke ve zaviyeleri kapatan yasanın yürürlüğe girmesi ile terk edilmiş ve zamanla harap olmuştu. 1970 senesinde şimdiki haliyle restore edilmiştir.