Ağa Camii ismiyle de anılan bu Cami, Ahmediye Meydanı'nın ortasına yakın bir yerde bulunuyordu. Bânisi, Kızlarağası Mehmet Ağa'dır. Minberini de, yapımından yaklaşık 155 yıl sonra, Darü's- saâde Ağası Hacı Beşir Ağa koyarak mescidi cami haline getirmiştir. 1159 (1746) tarihinde vefat eden sayısız hayır eserinin sahibi Beşir Ağa, Eyüp Sultan Camii'nin şadırvan avlusuna açılan kapısının sol tarafındaki türbesine gömülmüştür. Mehmet Ağa, aslen Habeş'tir. Sultan III. Murat devrinde ve 1582 tarihinde darü's-saâde ağası olmuştur. Kendisi ilk Habeş asıllı Harem Ağası'dır. Pek çok hayratı vardır. Bunlar arasında bu Yeni Çeşme Camii'nden başka, yine Üsküdar'da Atpazarı'nda, 'Kemerli veya Kemeraltı Camii' ve bu camiin yanında 998 (1589-90) tarihli çeşmesi ile Tabaklar Mescidi Sokağı'nda 1587 tarihli bir çeşmesi vardır. Ayrıca, Yeni Çeşme Camii yanında bir başka çeşmesi bulunuyordu. Bu çeşme 995 (1587)'de yapıldığına göre, mabet de bu sırada yapılmış olmalıdır. Mehmet Ağa, bu eserlerinin giderlerini karşılamak amacıyla Üsküdar'da Dutlu Kahve civarında, halkın 'Kızlarağası Fırını' dediği bir fırın ile bu fırının yanında bir sıra tonoz damlı dükkânlar yaptırmıştır. Bu fırın ve dükkânlar Toptaşı Bulvarı yapılırken 1965 tarihinde yıktırılmıştır. Ağanın İstanbul'da da eserleri vardır. Fatih Çarşambası'nda camii, çeşmesi, büyük çifte hamamı, medresesi ve tekkesi; Divanyolu'nda bugün Çocuk Esirgeme Kurumu'nca kütüphane yapılan medresesi, mektebi ve sebili; Çarşıkapı'da Makasçılar'da ve Parmakkapı'da iki sebili daha vardır. Mehmet Ağa bunlardan başka, Tuna nehri üzerindeki İsmail Geçidi'nde bir kale ve etrafına bir köy yaptırmıştır. Mehmet Ağa, 999 Rebiülâhirinde (Şubat 1591) idam edilerek Çarşamba'da, camiinin yanındaki türbesine gömülmüştür. Çarşamba'daki külliye, Mimar Davut Ağa tarafından yapıldığına göre, bu camiin de Davut Ağa tarafından yapıldığı sanılmaktadır. Davut Ağa, itikatsızlık töhmeti ile 1008 (1599) tarihinde Vefa Meydanı'nda idam edilmiştir. Kesme taştan yapılmış olan Yeni Çeşme Camii, 1935 tarihinde yol genişletilirken yıktırılmıştır. Bu camiin mahallesi yoktur. Bu mabedin oldukça geniş bir mezarlığı vardı. Şimdi yerinde, PTT binaları ile bir çok dükkân ve apartman bulunmaktadır. Hazîre, Ahmediye Meydanı, Halk Caddesi'nin sağ tarafı ve bir kısmı, Türbe Kapısı Sokağı ve Açık Türbe Sokağı'nın sol tarafı ile çevrili alanı kaplıyordu. Gizlice Dede'nin açık türbesi de bu hazîrenin kenarında bulunuyordu. Hazîrenin orta yerine, Gizlice Dede kabrinin arkasına ve biraz ilerisine sonradan bir tekke binası yapılmıştır. Bu dergâhın yeri hâlâ arsa halindedir. Mezarlık, 1935 tarihinde cami ile beraber kaldırılmıştır. Hazîrenin son kalıntıları, Halil Paşa Türbesi karşısında, 1965 tarihlerinde duruyordu. Bu tarihte bir apartman inşaatı sırasında kaldırılmıştır.