Mescit, eski Bağdat Yolu (Ulu yol) yeni Karacaahmet-İbrahimağa Bulvarı üzerinde olup İbrahim Ağa Çayırı'na giderken sol tarafta ve 1226 (1811) tarihinde yaptırılan İsa Ağa Çeşmesi'nin hemen arkasında idi. Mescidin sağ tarafında ve biraz ileride, Şehitliğe giden yolun başında ise o civara ismini veren Şerif Paşa Kuyusu bulunmakta idi. Mescit ve odalardan bugün eser kalmamıştır. Yalnız arka tarafında bir kaç kabir vardır. Çimento ile sıvanan mezarların üzerine, yeni yazı ile 'Miskin Baba' diye yazılmıştır. Hamzavî şâhidesi üzerinde değişik bir rumuzu olan bir kabir, 1129 (1717)'de vefat eden "Miskin Dede el-hac Hüseyin"e aittir. Yavuz Sultan Selim, 920 (1514) tarihinde İran Seferi'ne çıkarken ismini bilmediğimiz, Miskin Dede'yi de yanına almıştı. 20-23 Nisan 1514 günleri Üsküdar'da kalan padişah, bu sırada Dede'nin isteği üzerine ona bu dergâhı yaptırmıştı. Orduyla beraber, 17 Mayıs 1514 de Seyitgazi'ye gelen Miskin Dede, burada türbedar kapısını yeniden yaptırmış ve kapı yanındaki duvara da Arapça bir kitâbe koydurmuştu. Kitâbedeki arapça ifadenin anlamı "Miskin Dede'nin sevgisi bu türbedar kapısını yeniledi. Allah onun başının toprağını güzel kılsın, sene 921"dir. Hadîkatü'l-Cevâmî adlı kıymetli eserinde Ayvansarayî Hafız Hüseyin Efendi şunları yazmıştır: "Miskinler Mescidi denmekle maruftur. Bânisi Mısır Fatihi Sultan Selim Han'dır. Binası 920 (1514) tarihindedir. Bu miskin tabiri fakir demek olmayıp belki bir illet-i mahsusa olup, bir soy gibi bir sınıf kimselerde vuku buluyordu. Her kimde zuhur ederse bunlara gidildiği zaman o illetten bir nişane zuhur etmiş ise yanlarına alırlar ve illa başka kimseyi içeriye dahil etmezler. Gerek erkek gerek kadın cümlesi miskin olmak şarttır. Sadakaları eksik değildir. Yine kendilerinden bir şeyhleri ve kendilerine mahsus ayinleri olup eşleri ve evlâtları cümle o mahaldedir. Mescitlerinin minberini Yağlıkçı Mehmet Emin Paşa 1172 (1758-59)'da vaz eylemiştir." Tekkenin burada kurulması tesadüf değildir. Halkın sadakaları ile yaşamlarını sürdürmeleri için o devrin en işlek yolu tercih edilmiştir. Yolculuğa çıkanlar veya dönenler mutlaka bu yoldan geçerler ve sadaka taşlarına gönüllerinden kopanı bırakırlardı. Hastahanenin kurulduğu 1514 senesi Üsküdar bugünkünden çok küçüktü. Şehir henüz İnadiye, Tunusbağı, Çiçekçi ve Selimiye'ye kadar yayılmıştı. Tekkenin bulunduğu mevki, şehrin pek uzağında sayılıyordu.