Cami, eski Haydarpaşa Mesiresi'nde ve bugünkü Haydarpaşa tren istasyonunun arkası nda idi. Cami hakkında Hadîka yazarı: "Bânisi Mehmet Efendi'dir. Pederi Ömer Efendi'dir. Sultan III. Mustafa (1757-1774) devri ricalinden Cebehane memuru Ömer Efendi'nin ruhu için yaptırmıştır." demektedir. Ömer Efendi, 1191 (1777) tarihinde vefat ettiğine göre, mabet, 1780 tarihlerinde yapılmış olmalıdır. Ömer Efendi'nin kabri, Kızıltoprak'ta Zühtü Paşa Camii'nin sol tarafındaki bakımsız hazîrededir. Bu küçük mezarlığın az ilerisinde Ömer Efendi'nin Kalyonlar Baş Halifesi olduğu sırada ve 1186 (1772-73) tarihinde yaptırmış bulunduğ u çeşme ve namazgâhı vardır. Camiin yanında halkın yanlış olarak Haydar Baba Türbesi dediği Abdullah Baba Türbesi bulunmaktadır. Bu cami de, Ömer Efendizâde Mehmet Efendi tarafından yaptırıldığı halde, bulunduğu yerin adını alarak Haydar Paşa Camii diye ünlü olmuştur. Haydar Paşa'nın, cami ve türbe ile bir alâkası yoktur. Bilindiği gibi bugün ismiyle anılan bölgeyi Haydar Paşa, padişah bahçesi olarak tanzim ettirmiş ve daha sonra da, bu geniş alan, kendi mülkiyetine geçmiştir. (Haydar Baba Türbesi bahsine bakınız.) Cami, 1873 tarihinde Haydarpaşa-İzmit tren hattının yapımı sırasında yıktırılmıştır.