Cami, imaret, türbe, kütüphane, hünkâr mahfeli, çeşme, derviş hücreleri, şeyh evi, fırın ve hamamdan oluşan bu güzel külliye Üsküdar'ın yüksek bir semtinde yapılmıştır. Onbin metre karelik çok geniş bir alana yayılan bu manzumeye, Hüdâyî Mahmut ve Aziz Mahmut sokaklarına açılan avlu kapılarından girilir. Banisi, Mihrimah Sultan ve Sadrazam Rüstem Paşa'nın kızı Ayşe Hanım Sultan'dır. 1003 (1594) tarihinde Aziz Mahmud Hüdâyî Efendi adına yapıldığından, bu isimle şöhret bulmuştur. 1007 (1598) yılında yapıldığı söylenirse de doğru değildir. Çünki, Hüdâyî Efendi'nin oğlu, Mustafa Ebrar Efendi 1004 senesi vefat ederek şimdiki türbenin bulunduğu yere defn edilmiş ve sonra da türbe yapılmıştır. Kapının sağ tarafında, Kethüda Mehmet Paşa'nın sol tarafta ise, Hüdâyî Efendi'nin iki çeşmesi vardır. Avlu kapısından girildiğinde iki tarafta ahşap meşrutaların olduğunu görürüz. Sağdaki Kapıcı Baba'nın meşrutası imiş. Merdivenli bir yokuş olan avlunun biraz ilerisinde, sağ tarafta, bir hazîre, sol tarafta ise, Şeyhler kabristanı vardır. Sol taraftaki meşrutanın yanında, tonoz damlı ve kapısı kesmetaş söveli, Kâtipler Odası bulunmaktadır. Burada, dergâhın çok büyük olan vakıflarının hesapları yapıldığı gibi, kıymetli mücevherat da saklanırmış. Buradaki yevmiye defterleri, 1976 senesinde Hüdâyî Efendi Türbesi'ne taşınmıştır. Bu daireye hazine dairesi de denirdi. Şeyhler hazîresinin yanında Hüdâyî Efendi Türbesi ve türbe camekânı karşısında ise imaret kapısı vardır. Hünkâr mahfelinin altından geçerek küçük bir meydana gelinir. Burada, Hadîka yazarının bahsettiği binalardan eser kalmamıştır. Meydanın sağ tarafında Lütfi Ağa Kütüphanesi, sol tarafta ise cami bulunmaktadır. Celveti asitanesidir. Türbe girişine bitişik sebili vardır. Şeyh dairesi ahşap iki katlı bina restore edilecektir. Mescidin yan tarafında halen hüdai vakfından imaret faaliyetini sürdürmektedir.